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      曾有學者說，20世紀是抗生素的年代，21世紀將是益生菌的世紀。近年來益生菌已經有效地用于常見的消化系統疾病的治療，如各種原因的急慢性腹瀉、便秘、抗生素不良反應、菌群失調等，益生菌還逐漸用于其他系統疾病的治療，包括肥胖、高脂血癥、高血壓、脂肪肝、糖尿病等，給患者帶來了不少希望。然而，事物從來都是兩面的，益生菌也是如此，它也有“不安全”的那一面。
可能引發感染 由于益生菌對腸道上皮細胞有比較好的黏附能力，可能導致細菌易位，通俗地說就是“鵲占鳩巢”。芬蘭10年中，全國經血培養確診的菌血癥中，有66例是益生菌引起的，其中48例為乳酸桿菌引起的。有個別報告顯示，益生菌保健品可引起腸道炎癥，加重炎癥性腸病急性期的炎癥反應。
出現超敏反應 由于益生菌對免疫機制的調節有兩面性，長期使用益生菌會引起腸道（或全身）免疫系統的改變，尤其是對新生兒、個別免疫機能低下或有缺陷者（如艾滋病患者）更為不利。也有報告稱，益生菌會影響女性的正常妊娠。目前認為以上這些人群應用益生菌要特別慎重。
產生耐藥菌株 由于腸道菌群間，腸道菌群與致病菌之間存在耐藥基因的轉移，如果益生菌攜帶耐藥基因，向腸道內病原菌轉移，會使感染成為嚴峻問題，給治療帶來許多困難。